使用复合肥可以节省肥料的包装、运输、经销及施用费用，降低生产成本；复合肥副作用小，对土壤的不良影响也小，吸湿性小，不易结块，储存和使用方便，因而大受欢迎。那么，如何合理选择使用复合肥呢？
考虑土质 对微碱性、有机质含量偏低，有效氮和磷缺乏的土壤，一般应选用酸性氮磷复合肥，如磷酸一铵或腐植酸类氮磷钾复合肥、氮磷复合肥等为宜。但对少数红黏土或酸性棕壤土，应选用化学碱性复合肥，如磷酸二铵等。
考虑作物品种 一般大田作物选用氮磷复合肥，小麦田或高产田应选用氮磷钾三元复合肥；小麦、水稻、谷子等密植作物，适宜施用粉状复合肥；稀植中耕作物如玉米等应选用颗粒状复合肥，豆科作物宜选用磷钾复合肥，某些经济作物应选用与当地土壤、作物相适应的三元复合肥；根茎类作物（莲藕、玉竹）、玉米、晚稻等宜选用含钾量比较高的复合肥。
考虑与单质肥料混用 复合肥的养分是固定的，要更好地发挥其增产作用，还应配合施用单质肥料，以调节不同生育期中作物对不同养分的需要。如水稻、玉米、小麦等作物，在生长期需氮较多，若选用氮少磷多的磷酸二铵时，就得先按磷计算用量，不足的氮素用单质氮肥补充。
考虑施用方法 如作基肥，必须选用颗粒状复合肥，而且颗粒的硬度越高越好，以利于延长肥效；对含有铵态氮的复合肥料，易被土壤吸附，不易淋失，适应于各种土壤和作物，但最好是实行深施，以利于提高利用率；对于硝态氮复合肥料，不被土壤吸附，易随水淋失，故不宜施用于水田，而适用于旱地作物。
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