尿素可以作基肥和追肥施用，一般不直接做种肥。因为掌握不好，高浓度的尿素会影响种子发芽和幼根生长。如果必须做种肥施用，要与种子分开，而且尿素的用量也不宜多。
1基肥
尿素作基肥施用时，其施用量要精打细算，因为尿素的含氮量高，是高浓度氮肥，施用量一定要适当，否则会造成营养失调，降低氮素利用率。用尿素作基肥一定要施入土层的一定深度，尤其是在微碱性的石灰性土壤上，如果表施尿素，氨的挥发损失量比碳酸氢铵还要严重，可达30%～60% 。
2追肥
粮食作物在分孽期或拔节期施用，可采用沟施或穴施，施肥后覆土盖严，防止水解后氨的挥发。尿素在土施作追肥时，施肥时期要比硫酸铵、碳酸氢铵等其他速效氮肥品种提前几天施用，因为尿素只有转化成铵态氮后才可大量被作物吸收。到底提前多少天，要看季节和温度，早春天气（低温10℃）要提前6～7天，春末夏初(16～20℃)提前3～4天，夏季提前1～2天即可。在砂土地上漏水漏肥较严重，每次肥量不宜过多。
科学施用尿素应注意以下事项：
(1)尿素作追肥用时，既可以土施于作物根尖部，也适宜于作叶面喷施。
(2)尿素适用于各种作物的叶面喷施，合适的浓度一般为0.2%～2.0%之间，因作物种类和生育期而有所不同。尿素叶面喷施时，一定要注意副成分缩二脲的含量要低于0.5%。
(3)尿素不适合作种肥，主要是因为含氮量高，与种子同时使用容易造成出苗不齐和烧苗。有的尿素质量不好，含有一定量的缩二脲对种予发芽和幼苗有毒害作用。
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